No Brasil Colônia tivemos dois períodos importantes para a religião protestante. O primeiro foi quando o vice almirante Nicolau Durand de Villegaignon chegou no Rio de Janeiro para fundar a França Antártica. Amparado por Gaspar de Coligny, Villegaignon trouxe quatrocentos calvinistas. O segundo foi o da colonização holandesa.
Villegaignon nunca confiou nos seus homens, nem nos índios tamoios que o apoiavam. A situação se tornou pior quando 280 religiosos protestantes vieram de Genebra, onde tinham sido ordenados. Villegaignon os recebeu bem mas depois passou a hostliza-los, A desavença chegou a ponto de proibir o pastor Pierre Richier de pregar. Richier partiu para a França com seus amigos. Alguns deles voltaram, mas caíram em uma armadilha preparada por Villegaignon e acabaram executados.
Enfraquecido e sem o apoio de Colligny, Villegaignon voltou para a Europa. Os portugueses recuperaram o Rio de Janeiro, dando fim ao projeto da França Antártica.
O outro momento da religião protestante foi o vivenciado pelos pernambucanos, no tempo de Maurício de Nassau. A colonização holandesa se estendeu pelo Nordeste, do Maranhão até às margens do Rio São Francisco. Foi um período de franca
liberdade religiosa. Sinagogas e templos protestantes se espalharam por toda parte. Escolas árabes e igrejas conviveram com terreiros de matriz africana.
Este período de sadia convivência terminou com a expulsão de Maurício de Nassau.